La chiesa di Piona, a navata unica, rivolta ad oriente, a pianta irregolare, è lunga 27,60 mt. con soffitto il legni a travi orizzontali. In sostituzione dei contrafforti esterni, le pareti della navata sono slargate nella parte centrale verso l'esterno, per garantire maggiore stabilità alla costruzione.Probabilmente in origine, l'abside era stata realizzata con tre monofore delle quali, quella centrale e quella di destra furono chiuse per procedere all'affrescatura, e quella di sinistra fu allargata in forma rettangolare. Gli affreschi del catino absidale, nascosti da uno strato di intonaco, in un'epoca non precisata, sono stati riportati alla luce durante il restauro del 1906. Prima della seconda guerra mondiale la monofora  di destra venne riaperta, provocando un'interruzione della sequenza degli apostoli affrescati, e quella rettangolare di sinistra tornò alla forma a tutto sesto. Da una testimonianza del Niguarda del 1593 si può ipotizzare che la chiesa originariamente doveva essere preceduta da un atrio, poi incorporato. 

I due leoni di marmo (considerata un'opera di tardo campionesi) che all'ingresso fungono da supporto alle acquasantiere, probabilmente in precedenza erano il piedistallo delle colonne che separavano il pronao dal resto della navata.